后勤保障部实行“大部制、大后勤、大服务”管理体制，代表学校履行后勤管理服务职能，按照“部统筹规划与协调、各中心独立核算、强化过程监督与目标考核”的机制运行。

后勤保障部内设综合、质监、项目3个管理办公室，下设饮食服务中心、物业服务中心、能源服务中心、雁塔校区综合服务中心等4个实体中心以及住房管理处、校医院、曲江校区管理办公室等3个二级单位。后勤现有事业编制职工约337人，外聘员工约716人。

综合办公室：负责后勤保障部下属部门综合协调、人力资源管理及党政日常工作。

质监办公室：负责各服务中心的监督和绩效考核工作、学校爱卫会和绿委会工作，解决师生的投诉，督导整改和追责。

项目、节能办公室：负责学校修缮项目的立项、预算、设计及招标工作。负责节能管理等工作。

饮食服务中心：负责全校师生员工的餐饮服务。

物业服务中心：负责兴庆校区校园和家属区绿化养护、保洁及修缮工作；负责兴庆校区学生公寓、楼宇、家属区、周转公寓物业服务保障工作；负责兴庆校区社区服务工作；负责学校基础设施工程项目改造工作；负责大型设备的管理与维护工作；负责校园通信设施的建设、维护和服务及其它工作。

能源服务中心：负责保障兴庆校区锅炉房、配电室、水泵房等的正常运行；负责兴庆校区水、电、暖、消防管网日常维修及水电费用的收缴；开展节能减排和节约型校园建设工作。

雁塔校区综合服务中心：负责雁塔校区锅炉房、配电室、水泵房等的正常运行；水、电、暖、消防管网日常维修及水电费用的收缴；零星修缮、社区物业服务工作；协助饮食中心做好雁塔校区食堂服务工作。

住房管理处：负责教职工住宅的申购及产权产籍管理、周转公寓的申租及日常管理工作；负责教职工住房公积金、货币化补贴、住宅专项维修资金等涉房资金的管理工作。

校医院：负责师生员工及离退休人员的基本医疗、预防保健和社区卫生服务职责。

曲江校区管理办公室：曲江校区管理办公室全面负责曲江校区的运行管理和建设。后勤保障部党委负责后勤系统各单位、部门目标任务考核、干部聘任、财务与服务质量监督、队伍建设、文化建设和党风廉政建设工作，为后勤健康发展提供组织保证和监督保障作用；后勤保障部纪委主抓后勤党风廉政建设，负责后勤管理和服务的质量监控。后勤保障部党政联席会议是后勤保障部的决策机构，集体讨论决定部门人事、财务、队伍建设、思想政治工作和行政管理等重大决策和重要事项。

创新港综合管理服务中心：按照“服务外包、专业监管、师生评价、优胜劣汰”的管理模式，全面负责创新港后勤服务保障的运行管理，具体职能范围包括：创新港楼宇、场馆物业管理，环境保洁管理、校园绿化养护管理、宿舍管理、食堂餐饮管理、水、电、冷、暖运行管理、通勤班车调度管理以及经营性资产的日常管理等。

后勤核算中心是学校财务处下设机构，负责后勤财务的管理和会计核算工作。后勤各中心实行独立核算、目标责任管理与考核，财务由后勤保障部统筹管理。